Istanbul, Bati Roma Imparatorlugundan ayrildiktan sonra Bizans imparatoru Jüstinyen (527-568), hem Trabzon`un tahkim edilmesini, hem de bu manastirin genisletilmesini emrederek, buraya zengin bir kitaplik hediye eder. 640 yilinda, Bizansli çapulcular Manastiri hem yagma etmisler hem de yakmislar. Yine Trabzonlularin çabasiyla 644 yilinda Manastir yeniden onarilir.

Fatih Sultan Mehmet 26 Ekim 1461`de Trabzon`u fethettigi zaman Istanbul`da oldugu gibi, Trabzon`da birçok kiliseyi ve bu arada Trabzon`un Ayasofya Kilisesi ile Sumela Manastiri`ni da korumus ve hatta toprak ve altin ihsaninda bulunmustur.

Yavuz Sultan Selim, velihatligi sirasinda, Trabzon`da Vali olarak bulunmustur. Bir gün avlanirken hastalanir ve Meryemana Manastiri`na çikan 1 arak rahipler tarafindan tedavi edilir. Yavuz Istanbul`a dönüp, tahta çiktiginda, büyük bir kadirsinaslik ile bir zamanlar kendisini tedavi eden rahipleri ve Manastin unutmayarak onlara hem altin, hem arazi ve hem ek boylan bir buçuk metre olan 4 altin samdan hediye eder.

Sultan Ahmet II. 1710`da Manastirin iç duvarlarinin onarilmasi ve fresklerin yenilenmesi, Sultan Mahmut 1. 1740`da diger bölümlerdeki fresklerin yeniden yapilmasi için emir edip masraflarini da karsilamislardir.

Rahipler bu cinayetlerinden korkarak Trabzon`a siginirlar. 1919 yilinda Yunanlilarin Izmir`e çikmalari ile bütün dikkatlerin Bati Anadolu`ya çevrilmesini firsat bilen Meryemana rahipleri yine manastirlarina döndüler.

Ancak, batida sürdürülen savas, bizim lehimize döner dönmez, Dogu Karadeniz`de baskaldiran Rumlari bastirmak üzere Gazi Mustafa Kemal Pasa`mn, Doguya bir süvari kuvveti gönderdigi haberi manastira ulasinca, rahipler, daha önce isledikleri cinayetlerin korkusu ile tasiyabilecekleri degerli esyayi yanlarina alip digerlerini (St. Luke`nin Madonna tkonu dahil) manastirin yanindaki St. Barbara kilisesine gömdüler. Trabzon`daki Santa Maria kilisesine (bugün de bu kilise açik olup ayinlerini sürdürmektedir.) siginan rahiplerin, bir Italyan gemisi ile Yunanistan`a gitmesi saglandi.

Türk süvarileri Meryemana Manastin ile çevreyi bosalmis buldu; çünkü rahiplerle birlikte çevredeki Rumlar da Trabzon`a kaçmislardir. Ne var ki, rahipler manastiri terk ederlerken 3 yere yerlestirdikleri dinamit lokumlarini Türk askerleri manastirin içinde iken patlatmalari için, o çevredeki Rum çobanlara para vermislerdir. Adeta kutsal bir rastlanti sonucu çobanlar dinamitleri Trük askerleri ayrildiktan sonra atesleyebildiler. Böylece bugün dahi izlerine rastlanacagi üzere, Manastirin çatisi havayla uçtu, duvarlari tahrip oldu ve molozlar içeriye yigildi.

1931 yilinda, Türklerin iyi niyetliliginden ve Atatürk`ün baris severliginden yararlanan Meryemana rahiplerinden Ambrosis, Türk Hükümetinin izni ile geri gelmis ve St. Barbara kilisesine gömdükleri Hiristiyanligin mukaddes emanetlerini alip Yunanistan`a götürmüstür.

Meryemana Manastiri`nin önemi, Karadeniz Bölgesi`nin en eski Hiristiyan tapinagi olmasinin yani sira, doganin essiz güzellikteki bir yerinde çok ilginç bir yapi olmasindan ve çesitli devirlerde yapilan duvar ve tavan süslemelerinden kaynaklanir.

Manastir iki bölümden olusur. Birinci bölümün ilk yapilan kesim oldugu, tas oyukta görülen tapinma yerinin tavani ndaki fresklerden bellidir. Bu fresklerde gölge ve derinlik olmayip, gerek Hz. Isa`nin gerekse Hz. Meryem`in yüzleri hatta kiprik uçlari bile tek düzlem üzerindedir ve ayrintili olarak belirlenmistir. Tapmak yerinin içi ve disi Incil`den alinmis konularin freskleriyle süslenmistir.

Yine birinci bölümde, tapinma yerinin bitisigindeki kayadan üçlü olarak damlayan suyun düstügü yerde, sonradan yapildigi Anadolu Selçuklu süsleme stilindeki tas islemeden anlasilan bir ayazma vardir. Bu tapinma yerinin kuzeyinde 3-4 tane küçük kilise (Sapel) bulunup, bugün bunlardan birisi oldukça az harap olmus durumdadir. Bu küçük kiliselerin de duvarlari ile tavanlari fresklerle süslenmistir. Ancak kalintilardan anlasilacagi üzere bu küçük kiliseler çok daha sonraki dönemlerde (1740`larda) yapilmis olabilir.

Tapinma yerinin tavaninda, freskler arasinda, ortadaki iki büyük fresk, grubunun en eski oldugu, yine fresk stilinden anlasilabilir. (VII. yüzyil) Fresklerde hakim olan renk ile önce san, sonra al renklerdir. Ayrica yesil-pembe karisimina da çok rastlanmaktadir. Duvar fresklerinde zamanla kireç karisimi kullanilmis olup, yüz kismi yumurta aki ile parlatilmistir. Kullanilan taslar, sicaga dayanikli, isiyi uzun süre saklayabilen finn taslandir. Yan bölümler ise biri düz digeri delikli iki çesit tuglayla örülmüstür. Diger duvarlar yontulmasi sabir ve zaman isteyen çetin bir oymacilik ile sert kayalarin oyulmasindan olusmustur. Kapi ve pencere kesimlerindeki taslarin üst tasimlan ile kapilar kalin, som meseden oymali tahtadan yapilmistir. Gerek tapmak yerinde, gerekse küçük kiliselerde, lamba ya da samdan koymak için ufak dolaplar vardir.

Meryem ana Manastirinin ikinci bölümü, giris kapisini geçip, içerdeki basamaklardan inerken, sagdaki yatak odalarini salonlari, kitapliktan, kilerleri, erzak depolarini ve helalari kapsayan dört kattan olusmustur.

Bütün odalarda ocak, isik dolabi, kitap raflari vardir. Yine odalarda sofalarin disariya dogru, çikma balkonlari vardir.

En alt katta tonozlu bir mutfak, onun altindaki mahzende de sarap ve yag depolan bulunmaktadir.

Bütün duvarlarin karaagaç ve mese kapli oldugu kalintilardan anlasilmaktadir. Duvarlarin kalinligi 60-100 cm dir. Manastirin bu bölümü, alttan önü kapi biçiminde açik olan dört kemer üzerine oturtulmustur. Duvarin temeli ise, kayanin yukardan asagi üçgen biçiminde inen dar açili yerinden baslamak üzere kurulmustur. Bu bölüm ortaçag özelligi göstermekledir. Bu nedenle Alexios III. tarafindan baslatilan bölüm oldugu söylenebilir

Odalar bugün yikinti halinde olmakla beraber, kayitlardan 72 oda oldugu anlasilmaktadir. Manastirin bu bölümüne disaridan 96 basamakla çikilmaktadir.

Manastirin suyu, eski Roma yapisina benzeyen kiremitten yapilmis borulari içerisinde barindiran sukemerleri ile getirilirdi. Bugün bunlarin belli belirsiz kalintilari vardir.